Read：高通量平台产生的序列就称为reads。

Contig：拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。

Scaffold：基因组de novo， 通过reads拼接获得Contigs后，往往还需要构建454 Paired-end库或Illumina Mate-pair库，以获得一定大小片段（如3Kb、6Kb、10Kb、20Kb）两端的序列。基于这些序列，可以确定一些Contig之间的顺序关 系，这些先后顺序已知的Contigs组成Scaffold。

Contig ：Reads 拼接后会获得一些不同长度的Contigs。将所有的Contig长度相加，能获得一个Contig总长度。然后将所有的Contigs按照从长到短进行 排序，如获得Contig 1，Contig 2，Contig 3...………Contig 25。将Contig按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Contig总长度的一半时，最后一个加上的Contig长度即为Contig 。举例：Contig 1+Contig 2+ Contig 3 +Contig 4=Contig总长度*1/2时，Contig 4的长度即为Contig 。Contig 可以作为的结果好坏的一个判断标准。

Scaffold ：Scaffold 与Contig 的 定义类似。Contigs拼接组装获得一些不同长度的Scaffolds。将所有的Scaffold长度相加，能获得一个Scaffold总长度。然后将 所有的Scaffolds按照从长到短进行排序，如获得Scaffold 1，Scaffold 2，Scaffold 3...………Scaffold 25。将Scaffold按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Scaffold总长度的一半时，最后一个加上的Scaffold长度即为 Scaffold 。举例：Scaffold 1+Scaffold 2+ Scaffold 3 +Scaffold 4 +Scaffold 5=Scaffold总长度*1/2时，Scaffold 5的长度即为Scaffold 。Scaffold 可以作为的结果好坏的一个判断标准。

深度和覆盖度：

深度是指得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。假设一个基因大小为2M，深度为10X，那么获得的总数据量为20M。

 覆盖度是指获得的序列占整个基因组的比例。由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在，最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域，这部分没有获得的区域就称为Gap。例如一个细菌基因组，覆盖度是98%，那么还有2%的序列区域是没有通过获得的。

 

转载自：http://www.majorbio.com/Tech/Htseq/403